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歐陽軒用一句話概括了當下霹靂軍的狀態，即政治上蟄伏，軍事上積極防禦，經濟上蓬勃發展。在將士們在前線與隔河對峙期間，霹靂軍後方也沒有閒著。彭州和嘉定府的第一期工礦業的建設已接近尾聲，分別新開了數十家煤、鐵、石灰石、硫、火硝、鉛等礦。九峰山的銅礦產能已經恢復，符文鎮附近的山中也開採出了第一批銅礦，只是產量不多。隨著礦山的大規模開採，配套建設的硫酸廠、冶煉廠、鑄造廠等一大批工廠也陸續投產了，最為重要的彭州和嘉定兵工廠也開始試生產了。
雖然工農業生產事務繁多，但歐陽軒並沒有在政務方面投入太多精力，一方面是以李爽為首的政務團隊十分敬業，並不需要他過多操心，另一方面也是因為有一大批試驗在等著他。歐陽軒雖然對科研方向和路徑進行了指引，但涉及具細節需要反覆試驗和求證，楊輝負責研究院後，他將來會省不少心，但眼下還不能放手。一則楊輝的視野和理念還需要提升，他和歐陽軒這種受過現代科學訓練的人畢竟還是有差距，另一方面也是其所擅長面其實較窄，“術業有專攻”，他對數學和理工技術擅長，但對於化學、醫學等方面的知識便欠缺了。化學是歐陽軒的強項，醫學他也有涉及。當然在臨床醫學方面歐陽軒是個門外漢，他所知曉都是預防醫學知識。
在霹靂軍與蒙軍對峙期間，歐陽軒除了處理軍務，還要抽一部分時間指導科學院的化學試驗，其餘精力都投到了衛生防疫，以致於回家的時間都很少。當然回到家中也沒有人，楊嫣雖然已懷孕五個月，但仍然拖著大肚子在處理南洋公司的事務。南洋公司總部已搬到成都後，雖然有冉忠在那邊負責，但楊嫣仍需十天半月去一趟，以處理重要事務，她和歐陽軒仍然聚少離多。這情形看得小舅子楊邦憲常常嘆氣道說，研究院的化學試驗室、醫學院及參謀部的會議室才是姐夫的家，而河心島上的家只是客館而已。
眼下醫學院已在歐陽軒的指導下，在實驗室培育出了青黴素，但是離大規模生產仍有較長距離。一方面是缺乏工業化生產的條件，別說提純技術不成熟，就連規模培養菌種的裝置也無法達標，另一方面則是生產工藝流程和成本的問題，當下生產出來的價格甚至遠遠超黃金。歐陽軒明白技術的進步和迭代需要時間，更需要工業基礎的完善，急也急不得。從古自今，對經濟和社會破壞最大的是瘟疫，也就是歐陽軒所說的傳染病。實際上，戰爭直接殺傷人口與隨之而來的饑荒和瘟疫相比，只是九牛一毛。當下霹靂軍已經解決了飢餓問題，下一步重點便是傳染病的控制和預防了。
歐陽軒和唐順將傳染病防治的重點放在“天花、霍亂、鼠疫”這三種最烈的疫病之上。排在這三種疾病之前的便是瘧疾，只不過被歐陽軒用黃花蒿提取的汁液治住了。這三種病專播性極強、死亡率高，常常給一個地區帶來滅頂之災。蒙古人西征帶到歐洲“黑死病”，前後幾次爆發使幾千萬人死亡，差點將歐洲文明摧毀，這黑死病便是鼠疫。天花也是如此，人人畏之如虎避之不及，印第安文明便毀於西班牙殖民者帶去的天花、流感等疾病。霍亂雖然不如前兩種瘟疫兇險，致死率也稍低，但爆發的頻次密傳播途徑也多，其上吐下瀉常汙染水源。對付傳染病最有效方法是預防而不是治療，實際上這三種傳染病並沒有特效藥。故在防治瘟疫研討會上歐陽軒提出了三個防治途徑：消滅傳染源、切斷傳播途徑、對症治療。
霹靂軍在攻打彭山城之時，城中便發生了霍亂。在歐陽軒的命令下，城中居民全被遷到了小山溝進行隔離並進行了對症治療，又對城內城外進行了徹底的消毒，使得疫病控制在了一定範圍，也大大降低了死亡率。在總結此次經驗得失的基礎上，唐順便在李爽和魯德之的大力支援下，大力推動環境整治和個人衛生的宣傳，甚至還出臺了衛生不達標要被罰做短期苦役的法令，形成了人人講衛生的氛圍。在霹靂軍轄區內，蓬頭垢面外出或者身上有跳蚤被視為極不體面之事。事實證明這種應對措施對霍亂頗有效果，在霹靂軍轄區內雖偶有爆發，但很快便被撲滅。
除此之外，霹靂軍還大量養貓。霹靂軍糧倉為了防潮主體由木頭，其餘部分由水泥漿徹，算得上十分牢固，卻仍經不過老鼠日復一日的啃咬，養貓能從鼠口中奪回寶貴的糧食。歐陽軒親自下令養貓是因為老鼠是鼠疫桿菌的宿主，也是移動的專染源。蒙古人活動的草原地帶是鼠疫病的高發區，南下的蒙古騎兵也將傳染源帶到了漢地。更可惡的是蒙軍作戰也常使用生物戰，即將病死者的屍體用投石機拋入敵方的城軍，以汙染水源和糧食，從而達到不戰而勝的目的。事實上，在綿水前線，楊文安部發生瘟疫後，蒙軍也曾企圖將病死的新附軍屍體拋過來，卻被霹靂軍挫敗了。
對付天花病毒，歐陽軒提出的牛痘接種法是最好的預防手段。由於牛痘病毒和天花病毒共有交叉反應抗原，所以可以誘發機體產生自動免疫以預防天花。這項技術是從感染天花的牛身上取出膿汁和痂皮，接種到健康人的身上使之獲得免疫力。事實上霹靂軍早在去年便研發出了這種技術，餘柱帶到流求計程車兵和技術人員便是第一批接種者。只不過霹靂軍牛隻缺乏，不僅要用於耕地也用於在礦山和工廠作為動力，實在騰不出多少來牛來用於提取疫苗。牛是重要的戰略物資，但購買要比戰馬容易的多，故經過一年貿易已積累了不少牛隻。有了充足的牛隻，歐陽軒和唐順商議之後，便決定在霹靂軍境內大規模接種牛痘。
預防醫學的另一個重要方面便是消毒劑的研發和生產。雖然歐陽軒是化工專業，但要在當下的生產條件下，大規模生產出含碘、含氯、含醇消毒劑來，也是不現實。一方面是工業生產條件不達標，別一方面也是成本實在太昂貴了，根本無法大面積使用。故歐陽軒和唐順商議，一方面繼續改進消毒劑的生產工藝，待原材料充足時再行生產。另一方面則是採用傳統的消毒方式，如用火焚燒、用沸水燙。草木灰浸出液也是很好的消毒劑，當然使用的最多的，還是生石灰及其製成的消毒劑，量足又便宜。
