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海山繼位之後，繼續推行寬鬆的政策，想要實現忽必烈時期的偉大構想，東西真正一統（鐵穆耳只是形式上統一了東西），但是當時朝廷皇帝海山、皇太子愛育黎拔力八達、皇太后答己三旨並行的格局讓他深感不便。
於是海山在中書省之外（此時中書省的老大是皇太子愛育黎拔力八達）設定尚書省，以分中書省權力，尚書省的大臣都是在漠北時他的親信，利用尚書省推進改革。
他一方面改革紙鈔發行制度，想要穩定住紙鈔的地位，發行“大元通寶”和“至大通寶”，並允許前朝歷代銅錢可以一起在市面流通（頗有權宜之計的意思）。另一方面還下令準備整飭吏治（不過這事一直到他去世都還只是停留在制定方案的階段，畢竟這個時候的蒙古諸王沒有不貪的，大臣也都有樣學樣，你讓自己制定制度整飭自己，能試行下去才是見鬼了，這事兒雖然沒幹成，但是卻把上上下下的官員給得罪了一遍。）同時他還大肆分封有功之臣，大興土木，在登基第十天就下令在上都和大都之間的，旺兀察都（河北張北）興建元中都，他還下令在上都和大都大量修建寺廟。
從現在來看，海山制定新的貨幣政策、大力倡導反腐，在當時是直指時弊的，可惜他這皇帝不咋當家，以至於好的政策沒咋見成效，反而因為大肆分封、大興土木更加劇了國家矛盾。這一系列舉措，不但招致許多大臣反對，同時也加劇了他和皇太子、皇太后之間的矛盾。
這裡要說一下，為什麼海山在位的時候會出現三令並行這種奇觀呢？皇帝、太子、皇太后身後代表著三方勢力，皇太子愛育黎拔力八達因自小接受儒家思想教育，其老師李孟又是大儒，因此他天然的和儒家官員親近，獲得他們的支援在所難免，而因為海山登基後，大肆安排自己的親信，惹來蒙古諸王不滿，他們紛紛投靠到維護他們利益的皇太后答己身邊，而皇帝海山支持者就是他的漠北親信，相較於答己他的勢力是弱了一點，畢竟元朝的大權掌握在蒙古諸王手裡。
皇帝和皇太子的衝突擺上桌面，是因監察御史張養浩在至大三年上書的《時政書》，裡面列舉海山十項弊政：一曰賞賜太侈、二曰刑禁太疏、三曰名爵太輕、四曰臺綱太弱、五曰土木太盛、六曰號令太浮、七曰幸門太多、八曰風俗太靡、九曰異端太橫、十曰取相之術太寬。
啥意思嘞？意思就是說啊你海山賞賜諸王的土地、財寶太多了，對刑法不重視，封的爵位太多以至於質量下降，不講究長幼尊卑，建造的宮殿、廟宇太多，發號的施令沒啥實際意義（就是假大空），給奸佞小人做官的門路太多（朝中奸詐小人太多），宴飲頻繁且奢華無度，各種教徒橫行無忌，經常愛算命（比較相信相士的胡言亂語）。
要說這些話都是實話，舉個例子大家就知道異端太橫是啥意思了：海山上臺之後，制定了優待喇嘛的政策（終元一朝，國教一直是藏傳佛教，藏傳佛教地位之高沒有能與之匹敵的），規定老百姓毆打喇嘛的砍手，辱罵喇嘛的斷舌。至大元年（1308年），發生過這麼一件事，也說明喇嘛在元朝的地位之高：說是在上都，居住在開元寺的喇嘛強搶賣柴人的柴火，被賣家告到上都留守長官李璧那裡，李璧升堂正在問岸，結果這時候一群喇嘛手持武器殺進大堂，不但把賣柴人打死了，還把李璧拖在地上一頓毒打，就這不盡興，還關了李璧禁閉，李璧咽不下這口氣，上書告狀，結果是不了了知。第二年又發生了更離譜的事，一群喇嘛在路上走，因為諸王閤兒八剌之妃忽禿赤的斤搶了他們的道，結果這群喇嘛竟然不由分說的把王妃拉下車打了一頓，事情報上後，海山也是置之不理。這些事都反映出喇嘛在元朝的權勢之大，這樣大家就能明白金庸先生的神鵰裡面金輪法王為何敢如此囂張了吧，因為他就是這麼囂張，簡直就是二皇帝。
上完書之後，張養浩知道自己會不能見容於當朝，於是隱姓埋名連夜逃跑、辭職不幹了。
但是以這事為導火索，尚書省左丞相三寶奴和宦官李邦寧（元朝是沒有宦官的，被認為不人道，這個宦官是南宋時期的戰利品）建議海山廢除兄弟叔侄世世相承的約定（元朝貴族對律法不咋遵守，但是一般對互相之間的約定很是看重），廢掉皇太子愛育黎拔力八達，立海山的兒子和世㻋為太子，這事兒海山的親信康裡脫脫卻站出來反對，堅決不同意，從後來的情形看海山應該也沒同意。
不過這事卻被皇太子愛育黎拔力八達知道了，雖然元史沒記載這事以後的事情，但是海山確實是在第二年死掉了，對此有人懷疑是皇太子愛育黎拔力八達下的毒手，但是這事無法考究。從後來皇太子愛育黎拔力八達一登基就全部廢除海山的新政，廢除兄弟叔侄世世相承的約定，立自己兒子為太子這事兒來看，海山死於皇太子之手的可能性極大。
1311年，海山去世，由於之前約定好的，皇位由皇太子愛育黎拔力八達繼承，愛育黎拔力八達沒有按照約定立海山的兒子為皇太子，而是立自己兒子碩德八刺為皇太子，自此之後元朝皇帝更替進入快車道。
從海山至死沒有毀約，登基為帝之後又不忘舊臣，大量分封來看，其本人還是比較重承諾、講交情的，但是這隻能說他是個好人，卻不能說是個好皇帝。他在位不足四年，一系列新政基本隨著他的去世戛然而止，不過雖然政治上沒啥亮點，但是在文化和外交上還是取得了一定成就的。
海山登基兩個月之後就下詔，在孔子的封號“至聖文宣王”前加“大成”二字，是為“大成至聖文宣王”，並遣使祭祀，以表尊崇，這是孔子在歷代王朝（除西夏外）中得到的最高階別的封號。他在優待藏傳佛教的同時，也下令優待道教，同時斷禁白蓮教的前身——白蓮宗，這也是歷史上對該教派的首次禁令，此禁令到仁宗繼位後才解除。
海山在位時候，憑藉自己在西北邊陲的威望，解決了困擾元朝幾十年的西北邊疆問題，蒙古世界的幾個汗國之間恢復和平，同時也加強了與高麗、安南等藩屬國的關係，使得關河寧靜。
